結論
はい。プロバイダ側でドメインをバケットに向け、そのドメインをアップロード先のPublic Base URLに設定してください。Aktarがコピーするすべてのリンクにそのドメインが使われます。
ドメインの接続方法はプロバイダによって異なります。Cloudflare R2ではダッシュボードからバケットに独自ドメインを割り当てられます。Amazon S3では通常、バケットの前にCloudFrontを置きます。ほかの多くのプロバイダにも、CDNや独自ドメインの設定があります。
アップロード用のエンドポイントと公開URLは別の設定なので、あとからドメインを変えてもアップロードには影響しません。履歴にある既存のリンクは、作成時のアドレスのまま残ります。