Resposta curta
Sim. Adicione quantos destinos quiser, cada um com seu próprio provedor, bucket, chaves, URL pública e modelo de caminho, e alterne entre eles pelo painel da barra de menus.
O destino selecionado no painel é o padrão. Ele é usado para arrastar e soltar, colar e para o atalho global. Uma configuração comum é um bucket para capturas de tela e outro para arquivos de clientes.
A biblioteca pode filtrar seu histórico de envios por destino, e cada registro lembra para onde foi enviado, então excluir um arquivo remoto sempre atinge o bucket certo.