Respuesta corta
Sí. Añade tantos destinos como quieras, cada uno con su proveedor, bucket, claves, URL pública y plantilla de ruta, y cambia entre ellos desde el panel de la barra de menús.
El destino seleccionado en el panel es el predeterminado. Es el que se usa al arrastrar y soltar, al pegar y con el atajo global. Una configuración habitual es un bucket para capturas de pantalla y otro para archivos de clientes.
La biblioteca puede filtrar tu historial de subidas por destino, y cada registro recuerda dónde se subió, así que al eliminar un archivo remoto siempre se borra del bucket correcto.