Коротко
Да. Включите «Запускать при входе» в разделе Настройки → Основные, и Aktar будет тихо запускаться в строке меню при каждом входе в систему.
На той же странице есть и другие общие параметры: уведомление о завершении загрузки, автоматическое закрытие панели после успешной загрузки и глобальное сочетание клавиш.